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Isolation and Expression of Transcription Factors Involved in Somatic Embryo Development by Transcriptome Analysis of Embryogenic Callus of Thuja koraiensis
2024-05-31
Abstract : Thuja koraiensis Nakai (Cupressaceae) is an endangered and ecologically important conifer endemic to Korea. Previously, we established a protocol for micropropagation in T. koraiensis, which involved somatic embryogenesis from embryogenic callus of T. koraiensis. However, the molecular mechanisms underlying somatic embryogenesis remain unclear. Herein, we performed transcriptomic analysis to identify somatic embryogenesis-related genes of T. koraiensis via Illumina RNA sequencing. We conducted de novo transcriptome assembly using a Trinity assembler, which produced 274,077 transcript contigs clustered into 205,843 transcripts (unigenes), with an average length of 825 base pairs. Of all the unigenes, 14.69%, 18.62%, and 7.4% had homologs in the Gene Ontology, NCBI Non-redundant Protein, and NCBI Nucleotide databases, respectively. Among these mRNA sequences, expression of putative embryogenesis-associated transcription factors, namely BABYBOOM (BBM), WUSCHEL-RELATED HOMEOBOX (WOX), and SOMATIC EMBRYOGENESIS RECEPTOR-LIKE KINASE (SERK), was analyzed during somatic embryogenesis. RT-PCR analysis revealed that TkBBM, TkWOX, and TkSERK were highly expressed in embryogenic callus and seedling roots, whereas their expression was reduced in seedling leaves. Our findings provide new insights into the roles of BBM, WOX, and SERK in somatic embryogenesis. Our results may serve as a reference for comparative transcriptome analysis in related species and further aid functional genomics studies in conifers.
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국립세종수목원, 장애인 교육 활성화를 위한 전문가 자문협의회 구성
2022-04-27
※ 작성자 : 홍보소통팀/최민지/044-270-5035
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한국수목원정원관리원, 기후변화주간 캠페인 모두 함께해요
2022-04-25
※ 작성자 : 홍보소통팀/최민지/044-270-5035
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한국수목원정원관리원, '지구의 날' 소등행사 동참
2022-04-22
※ 작성자 : 홍보소통팀/최민지/044-270-5035
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한국수목원정원관리원, 산불피해 지역 주민과 진화인력에 수목원 무료관람서비스
2022-04-21
※ 작성자 : 홍보소통팀/최민지/044-270-5035
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한국수목원정원관리원, 국가보안시설 보안 강화 위해 LG유플러스와 업무협약
2022-04-20
※ 작성자 : 홍보소통팀/최민지/044-270-5035
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이상희 前산림청장, 한국수목원정원관리원에 백두산 호랑이 미술품 46점 기증
2022-04-20
※ 작성자 : 홍보소통팀/최민지/044-270-5035
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2022년 국민참여형 반려식물 야생화전시회 개최
2022-04-19
※ 작성자 : 홍보소통팀/최민지/044-270-5035
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한국수목원정원관리원, 문화재청과 국가 중요 자연유산 보전을 위한 맞손
2022-04-19
※ 작성자 : 홍보소통팀/최민지/044-270-5035
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국립백두대간수목원-(주)유에이티, 자생식물 활용 업무협약 체결
2022-04-15
※ 작성자 : 홍보소통팀/최민지/044-270-5035
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